सुब्रत मुखर्जी यांना हृदयविकाराचा झटका आला होता, त्यानंतर त्यांना कोलकाता येथील एसएसकेएम रुग्णालयात दाखल करण्यात आले होते. उपचारादरम्यान त्यांचा मृत्य झाला. पश्चिम बंगालच्या मुख्यमंत्री ममता बॅनर्जी यांनी स्वत: रुग्णालयात पोहोचून आपल्या सहकारी नेत्याच्या मृत्यूच्या वृत्ताला दुजोरा दिला.
एसकेएम हॉस्पिटलमध्ये पोहोचलेल्या मुख्यमंत्री ममता बॅनर्जी म्हणाल्या की, त्यांनी आयुष्यात खूप शोकांतिका पाहिल्या आहेत पण ते खूप मोठे नुकसान आहे. त्या म्हणाल्या की, सुब्रत मुखर्जी यांना उद्या रुग्णालयातून डिस्चार्ज मिळणार असल्याची माहिती मला या रुग्णालयातून मिळाली होती. विधानसभेतील विरोधी पक्षनेते पक्षनेते शुभेंदू अधिकारी यांच्यासह अनेक नेत्यांनी सुब्रत मुखर्जी यांच्या निधनाबद्दल शोक व्यक्त केला.