पुरोहित यांनी दावा केला की, त्यांनी 29 आक्टोंबर 2028 ला अटक करण्यात आली होती. तसे तर एटीएस ने त्यांना अटक केली असे दाखवले न्हवते ते म्हणाले की मुंबईने त्यांना अटक नंतर खंडाळाच्या एका वेगळ्या बंगल्यात नेले होते. जिथे तत्कालीन एटीएस प्रमुख प्रसिद्ध हेमंत करकरे आणि परम बीर सिंह यांच्यासोबत इतर अधिकारी देखील चौकशी करीत होते.
मालेगाव ब्लास्ट केस मध्ये आरोपी लेफ्टिनेंट कर्नल प्रसाद पुरोहित ने आपले वकील विरल बाबरच्या माध्यमातून विशेष एनआईए कोर्टात आपला लिखित जबाब सोपवला. त्यांनी दावा केला की, मुंबई एटीएसच्या अधिकारींनी त्यांना प्रताडित केले. आणि त्यांचा दावा गुडगा तोडला. पुरोहितने आपल्या जबाबात लिहले की, एटीएस अधिकारी त्यांची अवैध रूपाने चौकशी करीत होते आणि आरएसएस-विश्व हिंदू परिषदचे वरिष्ठ सदस्य, गोरखपूरचे तत्कालीन सांसद योगी आदित्यनाथ यांचे नाव घेण्याचा दबाव टाकत होते.
पुरोहितने दावा केला की, वर्ष 2008 च्या ऑगस्ट महिन्यात मालेगाव विस्फोट झाल्यानंतर त्याच्या एक महिन्यापूर्वी एनसीपीचे तत्कालीन अध्यक्ष शरद पवार यांनी अलिबागमध्ये एका रॅलीला संबोधित करतांना जबाब दिला होता की, फक्त इस्लामिक आतंकवादिच नाही, तर हिंदू आतंकवादी देखील आहे. लेफ्टिनेंट कर्नल पुरोहित म्हणाले की, 'ही पहिली वेळ होती जेव्हा हिंदू आतंकवाद शब्द संबोधला गेला. या जबाब नंतर 29 सप्टेंबर 2008 मध्ये मालेगाव विस्फोटची दुर्भाग्यपूर्ण घटना घडली.
पुरोहितने दावा केला की, त्यांना 29 ऑक्टोंबर 2008 ला अटक करण्यात आली. मला मुंबई वरून खंडाळा आणण्यात आले. पुरोहितच्या मते, एक सैन्य अधिकारी कर्नल पीके श्रीवास्तव, जे माझे सिनियर होते आता ते रिटायर्ड आहे. त्यांनी माझ्या पाठीत सूर खुपसला आणि मला एटीएस ला देऊन दिले. पोलीस हिरासत मध्ये परम बीर सिहने माझ्यावर हल्ला करणारे ते पहिले व्यक्ती होते. माझ्या सोबत खूप वाईट वागले. ते म्हणाले की, करकरे, परम बीर सिंह आणि कर्नल श्रीवास्तव या गोष्टीवर जोर देत होते की, मालेगाव बॉंब ब्लास्टची जबाबदारी मी घेऊ. त्यांनी माझ्यावर आरएसएस आणि वीएचपी चे वरिष्ठ सदस्य, उत्तर प्रदेशचे तत्कालीन सांसद योगी आदित्यनाथ यांचे नाव घेण्याचा दबाव टाकला. पुरोहितचा दावा आहे की त्यांना यातना दिल्यामुळे त्यांचा डावा गुडगा तुटून गेला. विशेष कोर्टात त्या सर्व आरोपींचे जबाब दर्ज केले जात आहे. ज्यांवर मालेगाव विस्फोट मध्ये त्यांच्या कथित भूमिकेसाठी केस सुरु आहे.
