भगवान धन्वंतरीच्या अवतारामागे एक ऐतिहासिक व पौराणिक कथा आहे. व आपल्या धार्मिक श्रद्धेचे प्रतीक आहे. धनत्रयोदशीला वैज्ञानिक दृष्टीकोनातूनही विशेष महत्त्व आहे. या दिवशी नविन भांडी खरेदी केली जातात. जे घरात धनाच्या आगमनाचे प्रतीक मानले जाते. या प्रकारे धनत्रयोदशीचा संबंध धनाशी जोडला जातो. दिवाळीत धनत्रयोदशीनंतर दोनच दिवसांनी लक्ष्मीपूजन केले जाते.
समुद्र मंथनातून जी चौदा रत्ने प्राप्त झाली होते त्यात धन्वंतरीचाही समावेश होतो. धन्वंतरीला भगवान विष्णूचा अंश मानले जाते. त्यांचे स्वरूप चतुर्भुजात्मक आहे. हे 'भगवान' शब्दाशी संबंधित आहे. धन्वंतरी आयुर्वेद प्रवर्तक, आरोग्य देवता मानली जाते. धन्वंतरी खर्‍या अर्थाने जनकल्याण करणारे, मंगल करणारे, रोगमुक्त करणारे, जीवनातील सर्व समस्यांचे निराकरण करणारे आहेत.
दिवाळी येण्यापूर्वीच कार्तिक मासाच्या सुरूवातीलाच सार्वजनिक स्वच्छतेला प्रारंभ होतो. वर्षभर साचलेला कचरा काढला जातो. घराला रंग दिला जातो, स्वच्छता केली जाते. घरातील सामान व्यवस्थित लावले जाते. सगळ्यांच्या आरोग्याच्या दृष्टीने हे महत्त्वाचे आहे. यासारखी स्वच्छता इतर कोणत्याही सणासाठी केली जात नाही. धन्वंतरीच्या उपदेशांना मूर्तरूप देण्याचा हाच खरा मार्ग होय.
प्रसन्न व पवित्र वातावरणातच देव आपल्यावर प्रसन्न होऊन आपल्याला चांगले फळ देतो व आपली मनोकामना पूर्ण करतो. म्हणूनच धनत्रयोदशीचा संबंध फक्त धनाशीच नाही तर आयुर्रारोग्य देणार्‍या धन्वंतरीशी आहे. धन्वंतरीने आयुर्वेदाचा प्रचार व प्रसार केला. परंतु, अवतरणानंतर आपला उद्देश पूर्ण न होऊ शकल्यामुळे त्यांनी मृत्यूलोकात जन्म घेऊन आपला उद्देश पूर्ण केला. विष्णू पुराणात शल्य चिकित्सेत आचार्यांच्या रूपात धन्वंतरीचा उल्लेख मिळतो. द्वापार युगात काशीचा राजा काश यांच्या वंशात त्यांनी जन्म घेतला. ध्वनंतरी चंद्रवंशी होता व काशीचा राजा दीर्घतम यांचा पुत्र होता, असेही मानले जाते. गरूड पुराण, विष्णूपुराण, ब्रह्मांड पुराण, हरिवंश पुराण, भागवत यातही धन्वंतरीचा उल्लेख सापडतो.
काशीच्या राजाच्या वंश परंपरेत द्वापार युगातील द्वितीय भागातील काशीराज 'धन्व' याने पुत्रासाठी तप केले होते. या तपाने त्यांना सर्वरोगनाशक पुत्र झाला. तोही धन्वंतरी या नावाने ओळखला जातो. याच वंशात धन्वंतरीचे पुत्र केतुमान, केतुमानाचे पुत्र भीमस्थ व भीमस्थाचा पुत्र दिवोदास यांचा जन्म झाला. ह्या सगळ्यांनीच काशीचे राजपद सांभाळले. काशीराज दिवोदास अष्टांग आयुर्वेदाचे जाणकार होते. समुद्र मंथनामुळे अवतरलेल्या धन्वंतरीने दिवोदासच्या रूपात जन्म घेऊन शिष्यांना शल्यतंत्र प्रधान अष्टांग आयुर्वेदाचा उपदेश दिला होता.
या संदर्भात काशीराज दिवोदास यांनी सुश्रुत वगैरे शिष्यांना आयुर्वेदाचा उपदेश देतांना आपल्या विषयाबद्दल सांगितले की,
'अहं हि धन्वंतरिरादिदेवो जरारूजामृत्युहरोहरोऽमराणाम्। शल्यांगमगैरपरैरूपेतं प्राप्तोऽस्मि गां भूय इहोपदेस्टुम्।।
म्हणजेच 'मीच धन्वंतरी आहे. देवतांच्या वृध्दावस्था, रोग व मृत्यूचा नाश करणारा आहे. आता मी परत धरतीवर शल्यतंत्र वगैरेंचा आठही अंगांसहित आयुर्वेदाचा उपदेश देण्यासाठी आलो आहे. त्यांनीच शल्यतंत्र प्रधान आयुर्वेदाचा उपदेश दिला होता कदाचित म्हणूनच ते दिवोदास धन्वंतरी नावाने प्रसिध्द झाले. धन्वंतरी शब्दाच्या उत्पत्तीनुसार 'धनु:शल्यं तरूयान्तं पारमियर्ति गच्छतीती धन्यंतरि' म्हणजेच धनुचा अर्थ शल्य(शल्यशास्त्र) म्हणजेच जो शल्यशास्त्राच्या विषयात पारंगत आहे तो धन्वंतरी या नावाने ओळखला जातो.