पंढरपूरच्या श्री पांडुरंगाच्या मूर्तीच्या मस्तकावर शिवलिंग आहे, असे सांगितले जाते. त्या प्रमाणे त्या शिवलिंगाला गंध वगैरे लावून रोज पूजाही केली जाते. त्या संबंधीची अशी कथा सांगितली जाते की एकदा भगवान शंकर श्री विठ्ठलाच्या भेटीला आले व ते विठ्ठलाच्या मूर्तीत विलीन झाले. श्री विठ्ठलाने त्यांना आपल्या मस्तकावर स्थान दिले.
पांडुरंग हे नाव शंकराचेच आहे. कारण पांडुर म्हणजे पांढराशुभ्र आणि अंग म्हणजे शरीर. ज्याचे अंग पांढरेशुभ्र आहे असा देव कोण आहे तर भगवान शंकर. श्री विठ्ठल हा तर कृष्ण असल्यामुळे काळाआहे आणि शंकर करपूरगौरवम म्हणजे कापराप्रमाणे गोरा आहे. पण सावळ्या विठ्ठलाने त्यास मस्तकीधारण केल्याने त्यांचे नावही धारण केले पांडुरंग.
समर्थ रामदास स्वामींनी म्हटले आहे
"विठोने वाहिला शिरदेव राणा" म्हणजे विठ्ठलाने शंकराला मस्तकावर वाहिले आहे.
प्रख्यात कवी अनंतरावजी आठवले. शंकराच्या स्तोत्रात म्हणतात.
"विठ्ठले धरिले शिरी शिवलिंग ते मुक्कुटा करती.म्हणजे विठ्ठलाने मुक्कुटाच्या आकाराचे शिवलिंग धारण केले आहे.
पुढे ते म्हणतात.
शोभतो जलदापरी ( ढगापरी ) हरि इंदिरावर सावळाकुंद सुंदर गौर हा हर भेद ना परी राहिला. पांडुरंगच बोलती गुज भाविका कळले यदा म्हणजेच विठ्ठल हा मेघाप्रमाणे सावळा आहे व शंकर हा कुंद कळ्याप्रमाणे शुभ्र आहे.
पण दोघेही एकरूप झाल्यामुळे विठ्ठलालाच लोक पांडुरंग म्हणतात शिव आणि विष्णू यांचे ऐक्य झालेले एकमेव तीर्थक्षेत्र म्हणजे पंढरपूर आहे. संत नरहरी सोनार हे कट्टर शिवभक्त होते. ते श्री विठुरायाच्या दर्शनालाही जातनव्हते. पण विठ्ठलाच्यार करदोड्यासाठी माप घेण्यास येथील मंदिरात गेले ते डोळबांधून. हाताने श्री विठ्ठलमूर्तीच्या कमरेचे माप घेऊ लागले तो शंकराची चिन्हे त्यांच्या हाताला लागली. डोळे उघडले तर श्री विठ्ठलाची मूर्ती त्यांना दिसली. त्यांचा भ्रम दूर झाला आणि शिव व विठ्ठल हे एकच आहेत असा त्यांना साक्षात्कार झाला.
ही घटना सुमारे ७०० वर्षांपूर्वी घडली. त्यामुळेचमहाराष्ट्र, कर्नाटक, आंध्रप्रदेश आणि सध्याचे तेलंगणा राज्यातून शिवभक्त तसेच लिंगायत पथाचे धर्मगुरू श्री विठ्ठलाच्यादर्शनासाठी आवर्जून येथे येतात. शिवरात्रीलाही पंढरपुरात सर्व वारकरी उपवास करतात. पांडुरंगाला उपवासाच्या पदार्थांचा नैवेद्य दाखवतात. पंढरपुरात शिव आणि विठ्ठल यामध्ये भेद नाही, हेच या क्षेत्राचे वैशिष्ट्य आहे.
महाशिवरात्रीचा उपवास केल्यास १२ एकादशींचे पुण्य लाभते अशी देखील वारकऱ्यांची श्रध्दा आहे. त्यावरून वारकरीसांप्रदायामध्ये देखील शिवरात्रीचे महत्त्व किती आहे, हे समजते.