पाकीस्तानात 19व्या शतकात बेने इस्राईल ज्यु राहत होते. भारत स्वतंत्र होण्याअगोदरच्या काळात यहूद्यांना समानतेची वागणूक होती. भारत स्वतंत्र झाला अन बरेच बेने इस्राईल लोक भारतात येऊ लागले. इतिहासकार शाल्या वेईलच्या मते 1000 हून अधिक ज्यु समुदाय कराचीसह पेशावर, क्वेटा आणि लाहोर येथे राहत होता. पेशावरला दोन लहान सभास्थानही होती. बरेच यहूदी ब्रिटीशांच्या काळात पाकीस्तानात आले होते.
कराचीच्या मॅगेन शालोम सिनॅगोगचे उद्घाटन 1893 मध्ये करण्यात आले. याची स्थापना सॉलोमन डेविड उमेरडेकर यास कडून झाली होती. सिनॅलॉगच अधिकृत नाव सिनेगॉग स्ट्रिट होत. 1902 मध्ये श्रीमंत ज्यु लोकांनी गरीबांना मदत म्हणून यंग मॅन ज्युज असोसिएशनची स्थापना केली. 1918मध्ये अखिल भारतीय इस्राईल लीग भरवण्यात आली. कराची हे सर्व भारत पाक बेने इस्राईल साठी केंद्र बिंदू बनलं. या व्यतिरीक्त अफगानी ज्युंच प्रार्थनास्थळ पण येथेच होतं. पाकीस्तानातील इतर अहवालानुसार 1948साली 2500पर्यंत ज्युसमुदाय होता. ह्या समाजाचा कराचीवर एवढा पगडा होता की पहीला यहूदी सभासद म्हणून 1919ते 1939 या काळात तीन वेळा सभासद बनले.
15 ऑगस्टच 1947 रोजीभारताची फाळणी झाली.त्याकाळात ज्यु लोक असुरक्षित अनुभव घूवू लागले. आपण इस्लामी राष्ट्रात राहत आहोत याची चिड येऊ लागली. याकाळात बर्याच पाकीस्तानी लोकांनी त्याच्या प्रार्थनास्थळांवर हल्ले केले.दंगलीच्या परीस्थितीत त्यांना पाकीस्तान सोडून कॅनडा युके इस्राईलमध्ये जाव लागलं. 350च्या जवळपास ज्यु पाकीस्तानातून बाहेर पडले. 1967च्यै सहा दिवसच्या युद्ध काळात हे सारे ज्यु पाकसोडून इतर देशांमध्ये गेले. पाकीस्तानच्या अध्यक्षांनी ज्युंची प्रार्थनास्थळे पाडली. तिथे शॉपिंग मॉल बांधली. पाकीस्तानात दन्युजच्या अहवालानुसार 800 ज्यु पाकीस्तान मतदार आहेत. कराचीत 400 कब्र आहेत. परंतु ते दुर्लक्षित आहेत. सेवा रक्षक ज्यु जो शेवटा होता तो मरण पावला. तेव्हा पासून हे कब्रस्तान दुर्लक्षित आहे.