शिखांचा प्रारंभीचा इतिहास हा सगळा संघर्षमय आणि रक्तरंजित आहे. शिखांच्या धर्मगुरुंचे ज्वलंत आणि तेजोमय चरित्र हा शिखांचा मोठाच स्फूर्तिदायक ठेवा होय. हरगोविंद यांच्या मोठ्या मुलाचा मुलगा गुरु हरकृष्ण यांची गुरुपदी निवड झाली. त्या वेळी हरकृष्ण हे केवळ पाच वर्षांचे होते आणि हे शिखांचे आठवे गुरु होत. गुरु हरकृष्ण हे बुद्धिमान होते. ते दुर्देवाने वयाच्या केवळ आठव्या वर्षी ३० मार्च, १६६४ रोजी स्वर्गवासी झाले. त्यांनी आपल्या मृत्यूपूर्वी आपल्या संप्रदायातील प्रमुख मंडळींना जवळ बोलावून हातात एक श्रीफळ आणि काही पैसे घेऊन 'बाबा बकाला' असे शब्द उच्चारले. याचा अर्थ नवीन गुरु बाबा बकाला या गावी आहेत, असा घेतला गेला. त्या काळातील रूढीप्रमाणे प्रत्येक गुरु आपल्या हयातीतच आपला वारस निश्चित करीत असत. गुरु तेगबहादूर हे बकाला येथे राहात असत. पण व्यावहारिक जगापेक्षा त्यांचे लक्ष आध्यात्मिक आणि पारमार्थिक गोष्टींकडेच अधिक होते. ते त्यागी आणि विरक्त वृत्तीने बकाला येथे राहात असले तरी त्यांच्या आधीच्या गुरुंनी मृत्यूपूर्वी बाबा बकाला असे शब्द उच्चारल्यामुळे बाबा बकाला येथे गुरुपदी हक्क सांगणारे वीसहून अधिक गुरुपदाचे इच्छुक निर्माण झाले होते. यामधून नेमके गुरु कोणाला निवडावयाचे असा प्रश्न होता.
मख्खनशहा नावाचा एक शीख व्यापारी समुद्रमार्गे मालाची ने-आण करीत असे. तो निष्ठावंत शीख होता. एकदा जहाज बुडत असताना त्याने संकटाच्या वेळी आपण वाचलो तर गुरुला पाचशे मोहरा देऊ, असे म्हटले होते. बाबा बकाला गावात गुरुपदाबद्दल थोडेफार वादावादीचे वातावरण निर्माण झाले असताना मख्खनशाह पुढे झाला. त्याने गुरुपदावर हक्क सांगणार्‍या प्रत्येकाच्या पुढ्यात दोन-दोन मोहरा ठेवल्या. तेवढ्यावर प्रत्येकजण संतुष्ट झाला. मात्र त्यात गुरु तेगबहादूर नव्हेत. मख्खनशाहला कोणतरी गुरु तेगबहादूर हेही गुरुपदाचे वारस आहेत, असे सांगितल्यावरुन तो त्यांच्यासमोर गेला आणि त्याने त्यांच्यासमोर दोन मोहरा ठेवल्या. त्याबरोबर गुरु तेगबहादूरांनी विचारले, 'तू तर पाचशे मोहरा कबूल केल्या होत्यास, बाकीच्या कुठे आहेत?' त्यांनी असे विचारताच हेच आपले गुरु होत, हे मख्खनशाहने आणि इतरांनीही ओळखले व गुरु तेगबहादूरांना गुरुपदी वयाच्या ४३ वर्षी बसविण्यात आले. गुरु तेगबहादूरांनी त्या क्षणापासून शीखधर्माच्या संरक्षणासाठी आणि संवर्धनासाठी आपल्या आयुष्यातील प्रत्येक क्षण व्यतीत केला. ते अमृतसरला गेले असताना त्यांच्या विरोधकांच्या कारस्थानामुळे परमपावन हरमंदिराचे दरवाजे त्यांच्यासाठी बंद करण्यात आले. तरीही गुरु तेगबहादूरांनी आपल्या विरोधकांकडे क्षमाशील नजरेने पाहिले. शीख धर्माचा प्रसार केला.
हजारो सैनिक, फार मोठ्या प्रमाणात अनुयायी त्यांच्याबरोबर विविध ठिकाणी यात्रा करु लागले. त्या काळात काश्मिरी पंडितांना औरंगजेबाच्या जुलमी सत्तेने कासावीस करुन सोडले होते. ते काश्मिरी पंडित गुरु तेगबहादूर यांना शरण गेले. गुरु तेगबहादूरांनी औरंगजेबाला निरोप पाठवून 'आधी तेगबहादूरांना मुसलमान कर मग सगळे काश्मिरी पंडित मुसलमान होतील', असे कळविण्याची व्यवस्था केली. यानंतर औरंगजेबाच्या फौजेने गुरु तेगबहादूरांना अटक केली आणि क्षुल्लक कुरापत काढून त्यांचा शिरच्छेद करविला. ह्या घटनेला उद्देशून गुरु तेगबहादूरांचे चिरंजीव आणि शीख धर्माचे संवर्धक गुरु गोविंदसिंह यांनी 'सीस दिया पर सिर्र न दिया' असे उद्गार काढले. धर्मासाठी या थोर वीरपुरुषाने बलिदान केले आणि शीख संप्रदायात नवचैतन्य निर्माण झाले.