खंडोबा हे दैवत अकराव्या शतकापासून लोकप्रिय झाले असावे. खन्डोबाचे ऐतिहासिक उल्लेख चौदाव्या शतकापासून येतात. खंडोबावरिल सर्वाधिक महत्वाचा ग्रंथ मल्हारी माहात्म्य ब्रह्मांड पुराणातील क्षेत्रकांडात असल्याचा दावा करतो पण या पुराणाच्या प्रमाण आवृत्तीत याचा उल्लेख मिळत नाही. मुळचे लोकदैवत असलेल्या खंडोबाचे क्रमशः वैदिकरण झाल्याचे दिसते. लोककथा या देवतेस पौराणिक शिव व वैदिक रूद्र यांचा पूर्णावतार मानतात. खंडोबाच्या परिवारातील इतर सदस्यांचें वैदिकीकरण झाले आहे. यामुळे म्हाळसा बाणाई या पार्वती व गंगा यांच्या, रक्त पिणारा खंडोबाचा कुत्रा कृष्णाचा तर शुभ्र घोडा नंदीचा अवतार मानला गेला.
खंडोबा हे दैवत वैदिक पशुपती रुद्राप्रमाणे दरोडेखोर, घोडा आणि कुत्रा यांच्याशी संबधित आहे. खंडोबाचा भक्तीपंथ किमान बाराव्या शतकापासून अस्तित्वात आहे. आंध्राच्या काकटिय सम्राटांचे खंडोबा हे कुलदैवत होते. मल्हारी माहात्म्य ग्रंथातील प्रेमपुरी जागा कर्नाटकातील बीदरजवळचे आदी मैलार स्थान आहे असे मानले जाते. आदी मलैरार खंडोबाच्या बारा प्रमुख स्थानांमद्ये मोडते. मराठी परंपरेने मूळचा प्रेमपुरीचा खंडोबा प्रेमपुरी - नळदुर्ग - पाली (जि. सातारा) असे करत जेजुरीस स्थिरावला. मराठी परंपरेत खंडोबा कानडी देव मानला जात असल्याचे संशोधक सोन्थेमर सांगतात. दख्खनच्या लिंगायत, जैन व इतर व्यापा-यांनी खंडोबा पंथाचा प्रसार केला असावा. पैठणच्या मराठी कंडक यक्षाशीही या देवतेचे एकीकरण झाले आहे.