छत्रपती शिवाजी महाराजांच्या आरमारी दलाचे आद्यस्थान मालवण येथील जंजिरा म्हणजे सिंधुदुर्ग किल्ला. छत्रपती शिवाजी महाराजांकडे 362 किल्ले होते. या सर्व किल्ल्यांचा पूर्वेस विजापूर, दक्षिणेस हुबळी, पश्चिमेस अरबी समुद्र आणि उत्तरेस खान्देश-वर्‍हाड या प्रदेशापर्यंतचा विस्तार होता. भुईकोट आणि डोंगरी किल्यांच्या बरोबरीने सागरी मार्गावरील शत्रुंची स्वारी परतून लावण्यासाठी जलदुर्गाची निर्मिती महत्त्वाची आहे, हे ओळखून शिवाजी महाराजांनी सागरी किल्ले निर्माण केले. चांगल्या, भक्कम आणि सुरक्षित स्थळांचा शोध घेऊन समुद्रकिनार्‍याची पाहणी झाली. 1664 साली मालवण जवळील कुरटे नावाचे काळे कभिन्न खडक किल्ल्यांसाठी आणले. महाराजांच्या हस्ते किल्ल्यांच्या तटांची पायाभरणी झाली. आज मोरयाचा दगड या नावाने ही जागा प्रसिद्ध आहे. एका खडकावर गणेशमूर्ती, एकीकडे सूर्यकृती आणि दुसरीकडे चंद्रकृती कोरुन त्या जागी महाराजांनी पूजा केली.
असं म्हणतात की, किल्ला बांधण्यासाठी एक कोटी होन खर्ची पडले. उभारणीसाठी तीन वर्षांचा कालावधी लागला. ज्या चार मच्छिमार लोकांनी सिंधुदुर्ग बांधण्यासाठी योग्य स्थळ शोधले, त्यांना गावे इनामे देण्यात आली. ऐतिहासिक सौदर्य लाभलेला सिंधुदुर्ग हा किल्ला ज्या कुरटे खडकावर तीन शतके उभा आहे, तो शुद्ध काळाकभिन्न खडक मालवण पासून सुमारे अर्धा मैल समुद्रात आहे. या खडकावर समुद्र मार्गानी व्यापलेले क्षेत्र सुमारे 48 एकर आहे. त्यांचा तट 2 मैल इतका आहे. तटाची उंची 30 फूट असून रूंदी 12 फूट आहे. तटास ठिकठिकाणी भक्कम असे एकंदर 22 बुरुज आहेत. बुरुजाभोवती धारदार खडक आहे. पश्चिमेस आणि दक्षिणेस अथांग सागर पसरला आहे. पश्चिमेकडे आणि दक्षिणेकडे तटाच्या पायात 500 खंडी शिसे घातले असून या तटाच्या बांधणीस 80 हजार होन खर्ची पडले.
सिंधुदुर्गचे प्रवेशद्वार पूर्वेस आहे. या जागी प्रवेशद्वार आहे हे लक्षात येत नाही. पाण्यातून मनुष्य तटाजवळ उतरला की उत्तराभिमुख एक खिंड दिसते. या खिंडेतून आत गेले की दुर्गाचे द्वार लागते. हे द्वार भक्कम असे उंबराच्या फळ्यांपासून केले आहे. उंबराच्या लाकडाचा उपयोग दीर्घकाळ टिकण्यासाठी होतो. त्याला सागाच्या लाकडाची जोड दिली आहे. आत गेल्यानंतर मारोतीचे छोटेखानी मंदिर आहे. तेथूनच बुरुजावर जाण्यासाठी मार्ग आहे. बुरुजावर गेल्यानंतर 15 मैलांचा प्रदेश सहज दिसतो. पश्चिमेकडे जरिमरीचे देऊळ लागते. आजही तेथे लोक वस्ती करुन राहतात. श्री शिवराजेश्वरांचे देवालय व मंडपात बैठी महाराजांची प्रतिमा फक्त येथे दिसते. शिवाजी महाराजांची बैठी प्रतिमा अन्यत्र कुठल्याही किल्ल्यावर दिसत नाही. सिंधुदुर्ग किल्ल्याचे प्रमुख वैशिष्ट्य म्हणजे या किल्ल्यात आजही दर बारा वर्षांनी रामेश्वराची पालखी शिवराजेश्वर येथे येते. इंग्रजानी हा किल्ला ताब्यात घेतल्यानंतर काही प्रमाणात तो उद्ध्वस्त करुन टाकला. किल्यांच्या बांधणीसाठी वापरण्यात आलेला चुना आजही दिसतो. मराठ्यांचा भगवा ध्वज आणि त्यांचा ध्वजस्तंभ 228 फूट उंच होता. त्यामुळे समुद्रातून दूरवरुन तो ध्वज सहज दृष्टिस पडत होता. ध्वजाला पाहून मच्छिमार खडकापासून लांब राहत असत. मुख्य म्हणजे किल्ला परिसरात गोड्या पाण्याच्या तीन विहिरी आहे. त्यांची नावे दूधबाव, दहीबाव आणि साखरबाव अशी आहेत. हे पाणी चवीला अत्यंत गोड लागते. किल्ल्याच्या बाहेर खारे पाणी आणि आत गोडे पाणी हा निसर्गाचा एक चमत्कारच मानला पाहिजे.
गडावर ठिकठिकाणी तोफा ठेवण्याच्या जागा आहेत. बंदूका टांगण्यासाठी तटाला भोके ठेवली आहे. सैनिकांसाठी पायखाने आहेत. छत्रपती शिवाजी महाराजांनी 300 वर्षापासून सार्वजनिक स्वच्छतेचा संदेश यातून दाखविला आहे, हे विशेष होय. कोकणातील सिंधुदुर्ग किल्ल्याची उभारणी ही छत्रपती शिवाजी महाराजांच्या दृष्टीने अत्यंत महत्त्वाची मानली जाते. सिंधुदुर्ग जिल्ह्यांचा स्मृतिमय इतिहास म्हणजे हा किल्ला आहे. असंख्य मावळ्यांच्या साक्षीने आणि परिश्रमाने समुद्रात हा किल्ला उभा केला तो आजही पर्यटकांना विशेष आकर्षित करतो.
सिंधुदुर्ग किल्ला मालवणपासून सुमारे अर्धा मैल समुद्रात आहे. 48 एकर क्षेत्रात हा किल्ला आहे. सिंधुदुर्ग किल्ल्यातील देवालय इ.स.1645 मध्ये शिवाजी महाराजांचे पुत्र राजाराम महाराज यांनी बांधले. या किल्ल्यावर 282 फूट उंचीचा भगवा ध्वज 1812 पर्यंत फडकत होता. 1961 साली तत्कालीन मुख्यमंत्री यशवंतराव चव्हाण यांनी तटदुरुस्ती केली.