३० जानेवारी १९४८ ला, दिल्लीच्या बिर्ला भवनच्या बागेतून लोकांबरोबर फिरत असतांना गांधीजींची गोळी मारून हत्या करण्यात आली. त्यांचा मारेकरू नथुराम गोडसे हा एक पुरोगामी हिंदू होता व त्याचे संबंध जहालमतवादी हिंदू महासभेशी होते. नथुराम गोडसेने महात्मा गांधी यांची हत्या करण्यासाठी बरेटा मॉडेलचे पिस्तूल वापरले होते. त्याच्या मते पाकिस्तानला पैसे देऊन भारताला दुबळे पाडण्यासाठी गांधीजी जबाबदार होते. गोडसे आणि त्याचा सहकारी नारायण आपटे यांच्यावर खटला दाखल करून त्यांना दोषी ठरवण्यात आले. त्यांना १५ नोव्हेंबर १९४९ ला फाशी देण्यात आली. गांधीजींच्या राजघाट येथील समाधीवर ’हे राम’ असे लिहिले आहे. हे त्यांचे शेवटचे शब्द होते असे अनेक जण मानतात, पण त्याची सत्यासत्यता वादग्रस्त आहे. गांधीजींच्या मृत्यूनंतर पंडित जवाहरलाल नेहरूंनी रेडियोवरून देशाला संबोधित केले:
"माझ्या मित्र आणि सहकार्‍यांनो, आपल्या आयुष्यातून प्रकाश निघून गेला आहे आणि सर्वत्र अंधाराचे साम्राज्य पसरले आहे आणि मला कळत नाही आहे तुम्हाला काय आणि कसे सांगावे. आपले आवडते नेते-राष्ट्रपिता, ज्यांना आपण प्रेमाने ’बापू’ म्हणत असू, आता आपल्यामध्ये नाही आहेत. कदाचित तसे म्हणणे चूकच ठरेल, पण आपण त्यांना आता बघू शकणार नाहीत, जसे आपण त्यांना इतके वर्ष बघत आलो आहोत. (संकटांमध्ये) त्यांचा सल्ला घ्यायला आपण आता धावत जाऊ शकणार नाही. त्यांच्या सानिध्यातील शांती आणि समाधान आपल्याला मिळणार नाही. हा एक प्रचंड धक्का आहे, केवळ माझ्यासाठीच नव्हे, तर या देशातील कोट्यावधी लोकांसाठीसुद्धा."
गांधीजींच्या अस्थी रक्षापात्रांमध्ये भरून देशभरात त्यांना श्रद्धांजली वाहण्यासाठी पाठविण्यात आल्या. जवळपास सर्व अस्थींचे विसर्जन १२ फेब्रुवारी १९४८ ला अलाहाबाद येथील संगमावर करण्यात आले. पण काही अस्थी लपवण्यात आल्या होत्या. १९९७ मध्ये तुषार गांधी यांनी एका रक्षापात्राचे विसर्जन केले. हे रक्षापात्र एका बँकेमधील लॉकरमध्ये सापडले होते आणि न्यायालयात खटला दाखल करून हस्तगत करण्यात आले होते. ३० जानेवारीला त्यांच्या परिवाराने अजून एका रक्षापात्राचे विसर्जन मुंबईत गिरगाव चौपाटीवर केले. हे पात्र एका दुबईमधील व्यापार्‍याने मुंबईमधील एका वस्तुसंग्रहालयाला पाठविले होते. अजून एक रक्षापात्र पुण्यातील आगाखान पॅलेसमध्ये आहे (जिथे गांधीजी १९४२ आणि १९४४ च्या दरम्यान बंदिवासात होते) आणि दुसरे एक पात्र लॉस एंजेलस येथील सेल्फ रिअलायझेशन लेक श्राइन येथे आहे. त्यांच्या परिवाराला जाणीव आहे की तेथील अस्थी राजकीय फायद्यासाठी वापरल्या जाऊ शकतात. पण ते पात्र तिथून काढून घेतल्यास तो मठ बंद पडेल या भीतीने गांधीजींचे वंशज ते रक्षापात्र तिथून काढून घेऊ इच्छित नाहीत.