आपल्या सार्वजनिक जीवनात सुभाषबाबूंना एकूण अकरा वेळा कारावास भोगावा लागला. सर्वप्रथम १९२१ साली त्यांना सहा महिन्यांचा कारावास भोगावा लागला.
१९२५ साली गोपीनाथ साहा नामक एक क्रांतिकारी, कोलकात्त्याचे पोलिस अधीक्षक चार्लस टेगार्ट ह्यांना मारण्याच्या प्रयत्‍नांत होता. पण त्याने चुकून अर्नेस्ट डे नामक एका व्यापारी इसमाला मारले. ह्यासाठी त्याला फाशीची शिक्षा सुनावली गेली. गोपीनाथ फाशी गेल्यावर सुभाषबाबू जाहीरपणे जोरात रडले. त्यांनी गोपीनाथचा पार्थिव देह मागून घेऊन त्याच्यावर अंत्यसंस्कार केले. ह्यावरून इंग्रज सरकारने अर्थ लावला की सुभाषबाबू ज्वलंत क्रांतिकारकांशी संबंध तर ठेवतातच, परंतु तेच ह्या क्रांतिकारकांचे स्फूर्तिस्थान आहेत. ह्या कारणास्तव इंग्रज सरकारने सुभाषबाबूंना अटक केली व कोणताही खटला न चालवताच, त्यांना अनिश्चित कालखंडासाठी म्यानमारच्या मंडाले कारागृहात बंदिस्त करून टाकले.
नोव्हेंबर ५, १९२५ च्या दिवशी, देशबंधू चित्तरंजन दासांचे कोलकाता येथे देहावसान झाले. सुभाषबाबूंनी त्यांच्या मृत्यूची बातमी मंडालेच्या कारागृहात रेडियोवर ऐकली.
मंडाले कारागृहातील वास्तव्यात सुभाषबाबूंची तब्येत बिघडली. त्यांना क्षयरोगाने ग्रासले. परंतु इंग्रज सरकारने तरीही त्यांची सुटका करण्यास नकार दिला. सरकारने त्यांची सुटका करण्यासाठी अट घातली की त्यांनी औषधोपारासाठी युरोपला जावे. पण औषधोपचारानंतर ते भारतात कधी परत येऊ शकतात हे सरकारने स्पष्ट केले नाही. त्यामुळे सुभाषबाबूंनी सरकारची अट मानली नाही. अखेर परिस्थिती इतकी कठीण झाली की कदाचित तुरूंगातच सुभाषबाबूंचा मृत्यू ओढवेल असे वाटू लागले. इंग्रज सरकारला हा धोकाही पत्कारायचा नव्हता. त्यामुळे सरकारने अखेर त्यांची सुटका केली. मग सुभाषबाबू औषधोपारासाठी डलहौसी येथे जाऊन राहिले.
१९३० साली सुभाषबाबू कारावासात असताना त्यांची कोलकात्त्याच्या महापौरपदी निवड झाली. त्यामुळे सरकारला त्यांची सुटका करणे भाग पडले.
१९३२ साली सुभाषबाबू पुन्हा कारावासात होते. ह्या वेळेस त्यांना अलमोडा येथील तुरुंगात ठेवले होते. अलमोडा तुरुंगात त्यांची तब्येत पुन्हा बिघडली. वैद्यकीय सल्ल्यानुसार सुभाषबाबू ह्यावेळी औषधोपारासाठी युरोपला जायला तयार झाले.