टोमॅटोचा इतिहास अतिशय प्राचीन आहे. टोमॅटो ज्या रोपट्यावर उगवला होता ते सुमारे पाच कोटी वर्षापूर्वी अंटार्क्टिकामध्ये विकसित झाले होते. शास्त्रज्ञांना या प्राचीन रोपट्याचे दोन जीवाश्म 5.20 कोटी वर्षापूर्वीच्या एका दगडाखाली आढळून आले आहेत. या दगडामध्ये प्राचीन लॅन्टन फळाचे छायाचित्र आढळून आले आहे. हे अवशेष आ‍धुनिक काळात आढळून येणार्‍या नाइटशेड वर्गातील फळे व भाजीपाल्यासोबत मिळतेजुळते आहेत.
टोमॅटो, बटाटा, शिमला मिरची, वांगी आणि तंबाखू याच नाइटशेड वर्गातील उत्पादने आहेत. शास्त्रज्ञांना या दगडांमध्ये जे जीवाश्म आढळले आहे ते बरेचसे ग्राउंड चेरी व टोमॅटोसारखे आहे. दोन्ही जीवाश्म अतिशय पातळ कागदावर दिसणार्‍या सालीच्या आतमध्ये दडलेले आहेत. या सालीच्या शिरांवर जीवाश्म स्पष्टपणे पाहिले जाऊ शकते. ते ऐवढे स्पष्ट आहे की शास्त्रज्ञ त्यात दाबले गेलेल्या अंशांचीही ओळख करण्यात यशस्वी झाले.
जीवाश्मीकरणाच्या प्रक्रियेमुळे त्याचे कोळशामध्ये परिवर्तन झाले होते. प्राचीन गोंडवाना लँड अलिप्त होणार्‍या निर्णायक टप्प्यादरम्यान दक्षिण अमेरिका अंटार्क्टिका व ऑस्ट्रेलियाच्या आसपास असावा. ज्याठिकाणी हे जीवाश्म आढळून आले आहेत, तो अज्रेंटिनाचा हिस्सा आहे. ही जागा अतिशय कोरडी व निर्जन आहे.
आजपासून सुमारे 5.60 लाख वर्षांपूर्वी हे स्थळ कॉलडेरा सरोवराच्या किनार्‍याच्या जवळ होते. त्यावेळी तिथे उष्णकटिबंधीय वातावरण होते. सरोवरच्या किनारी असल्यामुळेच बहुधा जीवश्मात दाबले गेलेली फळाली साल पाण्यावर तरंगत असावी.