जवळपास सर्वच पक्षंना छोटे-छोटे पंख असतात. त्यांच्या शरीराच्या आकारमानाच्या प्रमाणात असणारे हे पंख त्यांना उडण्यास मदत करतात, पण पेंग्विनला मात्र शरीराच्या तुलनेत खूपच छोटे पंख असतात. त्याचा उपयोग तो पाण्यात पोहण्यासाठी करतो. बहुतेक सर्वच पक्षी हवेत उडू शकतात आणि पाण्यात पोहू शकतात. मात्र पेंग्विनला त्यांच्या पेक्षाही अधिक चांगले पोहता येत असले तरी हवेत उडण्यात मात्र तो असमर्थ ठरतो. याचे कारण त्याचे छोटे पंख.
हवेत उडणार्‍या पक्ष्यांना असतात तसेच पेंग्विनलाही हवेत उडण्यासाठी लागणारे स्नायू आणि अवयव असतात. त्यामुळे पेंग्विनचे पूर्वज हवेत उडू शकत असतील याचा अंदाज बांधता येतो. पण कालांतराने त्यांची उडण्याची क्षमता हळूहळू नष्ट झाली असावी असे मानले जाते. भक्ष्याच्या शोधात समुद्रात दूरवर पोहण्यास शिकण्याच्या प्रक्रियेत पेंग्विनने आपली उडण्याची नैसर्गिक क्षमता गमावली असावी असा संशोधकांचा अंदाज आहे. ही प्रक्रिया खूपच प्राचीन असावी असे मानले जाते. एका अंदाजानुसार, पेंग्विनची उडण्याची क्षमता 25 हजार कोटी वर्षापूर्वी नष्ट झाली असावी.
पेंग्विनचे पंख छोटे असतात. पण ते संपूर्ण शरीरभर उंचीचे असतात. थंडी आणि वार्‍यापासून संरक्षण करण्यासाठी त्यंची रचना योग्य आहे. हाताचा समोरचा भाग (तळवा) एखाद्या पेडलप्रमाणे असतो. पंखांचे स्नायू पसरट असतात. त्यांच्या सहाय्याने पेंग्विन समुद्रात उत्तमरित्या पोहू शकतो आणि समुद्रात डुबकी मारूनही वर येण्यास त्याला मदत मिळते. त्याच्या पंखातील काही हाडे जुळलेली असतात. त्यामुळेच त्याला अन्य पक्षंप्रमाणे हवेत उडता येत नाही.