द्वारका शारदा पीठाधीश्‍वर जगद्गुरू शंकराचार्य स्वामी स्‍वरूपानंद सरस्वती यांनी साई यांच्यावर पुन्हा एकदा विवादित विधान करत म्हटले की ते मुस्लिम होते आणि गोमांस खायचे.
शंकराचार्य म्हणाले की साई बाबा गोमांस खायचे आणि फातिया वाचत होते. शिर्डीच्या ट्रस्टने हिंदू लोकांची फसवणूक करून 13 अब्ज रुपये कमावले असून महाराष्ट्र सरकारने ट्रस्टला 1300 एकर जमीन देखील दिली. येवढेच नव्हे तर त्यांनी म्हटले की 'सबका मालिक एक है', ही साईची नव्हे तर गुरुनानक यांची वाणी होती. साई मुस्लिम असल्यामुळे त्यांची मूर्ती हिंदू मंदिरात ठेवणे योग्य नाही.
त्यांनी म्हटले की साई बाबांना हिंदू दैवतांच्या रूपात प्रदर्शित केले जातं. कधी ते कृष्णासारखी बासरी वाजवतं तर कधी शेषनागावर बसतात तर कधी महादेवाच्या रूपात दिसतात. हा सगळा साई बाबांशी निगडित असलेले लोकं त्यांचा चुकीचा प्रसार करीत आहेत.