शिवकालीन प्रशासकीय व्यवस्थेत शिवाजी महाराजांची शिस्त खूपच करडी होती. सरकारी नोकरी वंशपरंपरेने न देता लायक व्यक्तिस द्यावी आणि सरकारी कामकाजात लष्कराचा हस्तक्षेप होणार नाही, याची दक्षता घ्यावी, असे त्यांनी फर्मान काढले होते. निरनिराळ्या खात्यांवर स्वतंत्र प्रधान नेमून त्यांच्याकडून त्या त्या खात्याची कामे करुन घेतली जात असत. रयतेकडून जमीनदारांमार्फत करवसुली न करता सरकारी नोकरांकडून करावी. राज्याचा खर्च भागवून नियमितपणे शिल्लक ठेवावी, असे स्थायी निर्देश त्यांनी दिलेले असायचे. सैन्य भरतीत महाराज स्वत:च लक्ष घालीत असत. प्रत्येक सैनिकाला सर्वप्रकारची हत्यारे हाताळण्याचे व चढाईचे प्रशिक्षण देण्याबाबत ते दक्षता घेत असत. महाराजांच्या फौजेत पराक्रमी सैनिक व सेनानींना खास बक्षिसे व उच्च पदे, पदव्या बहाल करुन त्यांचा गौरव केला जात असे. छत्रपती हे केवळ उत्तम राज्यकर्तेच नव्हे तर कुशल प्रशासक होते.
वीरपुरुषांची मोर्चेबांधण ी महाराजांच्या लष्करात अतिशूर लढवय्ये, एकनिष्ठ आणि कुशल सैनिकांचा समावेश असे. घोडदळ व पायदळ हे त्यांच्या लष्कराचे मुख्य विभाग होते. घोडदळात सुमारे दीड लाख, तर पायदळात सुमारे दोन लाख सैनिक होते. सैनिकांमध्ये सेनापती, हजारी, जुमेलदार, हवालदार, नाईक अशी पदे असत. साधेपणा व शिस्त ही महाराजांच्या लष्कराची महत्त्वाची वैशिष्टये होती. राज्याची मदार किल्ल्यांवर होती, हे जाणून महाराजांनी रायगड, पुरंदर, पन्हाळा, सिंहगड, विशालगड, प्रतापगड आदी किल्ले, कोट व जंजिरे उभारुन आपल्या मुलूखांची तटबंदी मजबूत केली. खुद्द महाराज हे किल्ले बांधण्याच्या तंत्रात निष्णात स्थापत्यतज्ज्ञ म्हणून ओळखले जात असत. मोगल व आदिलशहा यांच्या सैन्य संख्येचा तुलनेत छत्रपतींकडे सैन्यबळ कमी होते. तथापि, तरुण पिढीतली कर्तबगार पराक्रमी माणसे हेरुन त्यांना महाराजांनी युद्धतंत्रात पारंगत केले. तानाजी मालुसरे, येसाजी कंक, दाजी जेधे, रामचंद पंत, शंकराजी नारायण, परशराम पंत, गिरजोजी यादव, बंडो बल्लाळ, संताजी घोरपडे, धनाजी जाधव, नेताजी शिंदे आदींच्या समावेश होता. महाराजांचे युद्धनैपुण्य अद्वितीय होते. त्यांनी आदिलशहा, कुतूबशहा, जंजिर्‍याचा सिद्दी, फिरंगी-वखारवाले, अफझलखान, शयस्तेखान, मिर्झा राजा जयसिंग, औरंगजेब या एकापेक्षा एक बलाढ्य शत्रुंशी समर्थपणे मुकाबला करुन त्यांना नामोहरम केले. मराठा तितुका मिळवावा ही मेघगर्जना करुन महाराष्ट्र धर्म वाढविण्यासाठी महाराजांनी आपले सारे आयुष्य वेचले.
युद्धतंत्र-गनिमी काव ा शिवाजी महाराजांना आपल्या मुलूखांचे तंतोतंत भौगो‍‍‍लिक ज्ञान होते. मोगल, आदिलशहा यांच्या तुलनेत सैन्यबळ व शस्त्रसाठा कमी असल्याने ते गनिमी कावा या युद्धतंत्राचा वापर करीत असत आणि त्यात त्यांना जबरदस्त यशही आले.
शत्रुच्या नवनव्या आव्हानांना सामोरे जाण्यासाठी महाराज वेगवेगळ्या डावपेचांचा वापर करीत असत. शत्रुच्या आव्हानाला तोंड देण्यासाठी आपल्या कोणत्या सेनाधिकार्‍याला केव्हा व कोठे पाचारण करायचे याबाबतच त्यांचे निर्णय अचूक ठरत असत. गडावर वेळ पडली तर गडावरील सैनिकांनी काय करायचे आणि गडाबाहेर असलेल्यांनी काय करायचे, याचे अचूक प्रशिक्षण सैन्याला तसेच गावकर्‍यांना दिले जात असे. अफझलखानाचा वध, आग्रा भेट, शाहिस्तेखानावर केलेला वार, औरंगजेबच्या कैदेतून शिताफीने केलेली सुटका या ऐतिहासिक घटनांमध्ये शिवबांनी जे यश संपादन केले, त्यात गनिमी काव्याची अहम भूमिका होती. शिवबा हे चतुर व बुद्धिमान योद्धा होते.
नाविकदलाचे निर्मात े परकीयांच्या आक्रमणाला आळा घालण्यासाठी सागरी तटालगत किल्यांची गरज ओळखून छत्रपतींनी मालवण बंदरावरील कुरटे बेटावर सिंधुदूर्ग किल्ल्याची उभारणी केली. सिंधुदुर्गसारखा अभेद्य जलदुर्गाची निर्मिती खर्‍या अर्थाने छत्रपतींच्या अगाध स्थापत्य ज्ञानाची प्रचिती देते. भारत देशाला मोठ्या प्रमाणात सागरी किनारा लाभल्याने सागरीमार्गे शत्रुंची आक्रमणे होण्याची शक्यता ओळखून महाराजांनी नाविकदलाची निर्मिती केली आणि इब्राहिम दौलतखानची त्या दलाचे प्रमुख पदी नियुक्ती केली. आधुनिक शस्त्रसाठा, युद्धनौका, जहाजे, आगबोटींचे बांधकाम सागरी किनार्‍यावर करुन छत्रपतींनी राज्याच्या संरक्षणासाठी अभेद्य तटबंदी केली. शिवाजीराजे हे नाविकदलाची मुहूर्तमेढ रोवणारे देशातील पहिले राजे होते.