वर्षं 1989मध्ये दहशतवाद्यांनी ठाकरे कुटुंबीयांचं निवासस्थान असलेल्या मातोश्रीला बॉम्बनं उडवून देण्याची योजना बनवली होती. त्यामुळे शिवसेनाप्रमुख बाळासाहेब ठाकरेंनी कुटुंबातील प्रत्येक सदस्याला काही दिवसांसाठी सुरक्षित ठिकाणी जाण्यास सांगितलं होत असा खुलासा शिवसेनेचे माजी नेते आणि महाराष्ट्राचे माजी मुख्यमंत्री नारायण राणे यांनी केला आहे.राणेंनी आपलं आत्मचरित्र 'No Holds Barred: My Years In Politics' यामध्ये याबाबत लिहिलं आहे. महाराष्ट्रातील तत्कालीन मुख्यमंत्री शरद पवार यांनी बाळासाहेबांचे पुत्र उद्धव ठाकरेंना फोन करून याची कल्पना दिली होती असं स्पष्ट केलं आहे.
नारायण राणेंनी आत्मचरित्रात असंही म्हटलं आहे की, ठाकरे खलिस्तानी दहशतवाद्यांच्या हिटलिस्टवर होते. त्यावेळी फुटीरतावादी खलिस्तानीसमर्थक मुंबईसह अनेक शहरात सक्रिय होते. राणेंच्या म्हणण्यानुसार, 19 मार्च 1988मध्ये बाळासाहेब ठाकरेंनी एक पत्रकार परिषद आयोजित केली होती. जिथे त्यांनी प्रश्नावलीचं वाटप केलं. त्यात त्यांनी शीख समुदाय फुटीरतावाद्यांना फंडिंग करत राहिल्यास त्यांना सामाजिक आणि आर्थिक स्वरूपात बहिष्कृत केलं पाहिजे. शिवसेनेचा 1989मध्ये महाराष्ट्र विधानसभा निवडणुकीत पराभव झाला. त्यावेळी ठाकरे काहीसे कमकुवत झाले होते. कारण राज्याची सुरक्षा काँग्रेसच्या हातात होती. त्यानंतर बाळासाहेबांनी मातोश्रीची सुरक्षा वाढवली आणि सर्वांना हाय अलर्ट जारी केला.