देशभरातल्या दर्जेदार असलेल्या एकूण 62 विद्यापीठ, शिक्षण संस्थांना स्वायत्त दर्जा दिला आहे. राज्यातील सावित्रीबाई फुले पुणे विद्यापीठाचाही यामध्ये समावेश केंद्राने केला आहे. हे करतांना केंद्रीय विद्यापीठं, राज्य विद्यापीठं आणि महाविद्यालयं अशी विभागणी केली आहे. विद्यापीठ आणि महाविद्यालयांना स्वायत्त दर्जा मिळाला, त्यांना विद्यापीठ अनुदान आयोग अर्थात यूजीसीच्या परवानगीशिवाय मोठे निर्णय घेता येणार आहेत. स्वायत्त दर्जा मिळालेल्या विद्यापीठांवर यूजीसीचंच नियंत्रण असेल. मात्र त्यांना नवा अभ्यासक्रम, नवा कोर्स, नवा विभाग सुरु करण्यासाठी यूजीसीच्या परवानगीची गरज नसणार आहे. त्यामुळे आता विद्यापीठे अनेक मोठे निर्णय घेऊ शकणार आहे. स्वायत्ता देण्यात आलेल्या विद्यापीठामध्ये पुणे विद्यापीठाचा समावेश आहे. महाराष्ट्रातली काही संस्था आणि महाविद्यालयांचाही समावेश आहे. स्वायत्त दर्जा मिळालेल्या विद्यापीठं आणि महाविद्यालयांना आता अभ्यासक्रम, प्रवेश प्रकिया, फी यासारखे अनेक निर्णय स्वतंत्रपणे घेण्याचे अधिकार प्राप्त होणार आहे. केंद्रीय मंत्री प्रकाश जावडेकर यांनी ६२ स्वायत्त शैक्षणिक संस्थांची यादी जाहीर केली. ज्यात ५ केंद्रीय विद्यापीठे, २१ राज्य विद्यापीठे, २६ खासगी विद्यापीठे आणि १० महाविद्यालयांचा समावेश आहे. यामध्ये राज्यातील असलेली टाटा इन्स्टिट्यूट ऑफ सोशल सायन्सेस, मुंबई, होमी भाभा नॅशनल इन्स्टिट्यूट, मुंबई, नरसी मुंजी इन्स्टिट्यूट ऑफ स्टडीज, डॉ.डी वाय पाटील विद्यापीठ पुणे, सिम्बॉयसिस इंटरनॅशनल, पुणे, इन्स्टिट्यूट ऑफ केमिकल टेक्नोलॉजी, मुंबई, दत्ता मेघे मेडीकल इन्स्टिट्यूट, वर्धा, डी.वाय पाटील विद्यापीठ, नवी मुंबई या सर्वांचा समावेश केला आहे.