अक्कलकोटचे श्रीस्वामी समर्थ श्री दत्तात्रयांचे तिसरे अवतार असल्याचे मानले जातात. आपल्या अवतार समाप्तीच्या वेळी श्री नृसिंहसरस्वती श्री शैल्य येथून कर्दळी वनात जाऊन तेथे तपश्चर्येला बसले होते तेव्हा काही काळातरांने त्यांच्याभोवती वारूळ तयार झाले. नंतर साडेतीनशे वर्षे गेली आणि एके दिवशी एक लाकूडतोड्याचा लाकूड तोडताना घाव चुकला आणि वारुळावर पडला. तेव्हा त्या वारुळातून श्री स्वामी समर्थ प्रकट झाल्याचे सांगितले जाते.
लाकूडतोड्याच्या कुऱ्हाडीचा घाव जेव्हा वारुळावर बसला तर तो श्रीस्वामी समर्थांच्या मांडीवर लागला ज्याने स्वामी समर्थ समाधीतून जागे झाले. कुऱ्हाडीचा वार त्यांच्या मांडीवर स्पष्ट दिसत असे. श्री स्वामी समर्थ तेथून श्री काशीक्षेत्री प्रकट झाले. नंतर तेथून गंगा काठाने कलकत्ता, जगन्नाथपुरी मार्गाने गोदावरी तीरावर आले. प्रथम श्रीस्वामी समर्थ मंगळवेढे गावात प्रकट झाले.
ते रानात वास्तव्य करायचे आणि क्वचितच गावात जात असे. गावात आल्यावर एक ब्राह्मण कुटुंब श्री स्वामी महाराजांना भोजन देत असे. नंतर स्वामी समर्थ पंढरपूर, मोहोळ, सोलापूर ह्या ठिकाणी वास्तव्य करून अक्कलकोट येथे आले. इसवी सन १८५६ मध्ये स्वामी महाराजांनी अक्कलकोटमध्ये प्रवेश केला तेव्हा त्यांनी तीन दिवस अन्न देखील ग्रहण केले नव्हते. भक्त चोळाप्पा स्वामींना आपल्या घरी घेऊन गेले आणि त्यांना भोजन दिले. तेव्हापासून चोळाप्पा स्वामींचे एकनिष्ठ शिष्य झाले.
श्री स्वामींच्या प्रचिती अक्कलकोट येथील लोकांना येऊ लागली. मग लोक त्यांच्या दर्शनास येऊ लागले. अक्कलकोट येथे स्वामी महाराज प्रथम खंडोबाच्या देवळातील कट्ट्यावर स्थानापन्न झाले. पुढे वटवृक्षाखाली येऊन त्यांनी तप:साधना केली. स्वामींच्या अक्कलकोट येथील 22 वर्षांच्या वास्तव्यात हे स्थळ तीर्थक्षेत्र झाले. येथे त्यांनी जगातील अनेकांना मार्गदर्शन केले.